Одним милуванням Міядзакі, звісно ж, не обмежується і часто символічно, або й прямо, говорить про те, що людство не може жити в конфлікті з природою.
Наприклад, історія про принцесу Навсікаю, яка намагається врятувати своє маленьке королівство від екологічної катастрофи. Спочатку це була серія манги, яку Міядзакі запустив у 1982 році. На створення постапокаліптичного світу, в якому отруйні ліси і гігантські жуки поступово поглинають острівці людської цивілізації, його надихнуло забруднення бухти Мінамата в 1950-60-і роки, куди зливали ртуть. Риби і рослини в бухті змогли пристосуватися до цієї отрути, а ось людям довелося нелегко.
Міядзакі спочатку не хотів перетворювати мангу на мультфільм, але поступово перед ним стала вимальовуватися повнометражна історія Навсікаї. Героїня стикається з войовничим королівством, яке хоче об'єднати людство для протистояння смертоносній токсичній природі.
Головне відкриття, яке робить принцеса, полягає в тому, що не сам ліс є джерелом смерті, а отруєні вода і земля, на якій він росте. «Хто міг створити таке зі своїм власним будинком?» — запитує Навсікая.